1949年3月瓊崖區(qū)黨委根據(jù)黨中央關(guān)于實(shí)行民族區(qū)域自治的批示頃白沙縣毛棧鄉(xiāng)（今五指山市毛陽(yáng)鎮(zhèn)）成立了“瓊崖少數(shù)民族自治區(qū)行政委員會(huì)”，管轄白沙、保亭、樂(lè)東3個(gè)縣，陳克文任主任，王國(guó)興（黎族）任副主任。

1951年1月，海南軍政委員會(huì)決定進(jìn)行新區(qū)域劃分，同時(shí)撤銷瓊崖少數(shù)民族自治區(qū)行政委員會(huì)。1952年4月根據(jù)《中華人民共和國(guó)民族區(qū)域自治實(shí)施綱要》的規(guī)定，成立海南黎族苗族自治區(qū)人民政府籌備委員會(huì)，選舉王國(guó)興等35人為籌委人委員，通過(guò)了成立海南黎族苗族自治區(qū)人民政府工作草案。同年6月25日，海南黎族苗族自治區(qū)首屆各界人民代表會(huì)議在樂(lè)東縣抱由鎮(zhèn)舉行，會(huì)議討論通過(guò)了《海南黎族苗族自治區(qū)人民政府組織條例》，選舉王國(guó)興等21人為自治區(qū)人民政府組織成員，王國(guó)興（黎族）當(dāng)選為主席，7月1日海南黎族苗族自治區(qū)人民政府正式成立。自治區(qū)成立初期，直轄白沙、保亭、樂(lè)東、瓊中、東方5個(gè)縣。

1953年7月自治區(qū)首府從抱由鎮(zhèn)遷到保亭縣沖山鎮(zhèn)（今五指山市沖山鎮(zhèn)），1954年1月將原屬海南行政區(qū)的崖縣、陵水兩縣劃歸自治區(qū)管轄，范圍擴(kuò)大到7個(gè)縣。1955年10月，海南黎族苗族自治區(qū)第一屆人民代表大會(huì)第二次會(huì)議在通什鎮(zhèn)召開(kāi)，會(huì)議根據(jù)1954年頒布的《中華人民共和國(guó)憲法》和《中華人民共和國(guó)地方各級(jí)人民代表大會(huì)和各級(jí)人民委員會(huì)組織法》的規(guī)定，宣布將海南黎族苗族自治區(qū)改為海南黎族苗族自治州，并將自治區(qū)人民政府改為自治州人民委員會(huì)。會(huì)議選舉王國(guó)興（黎族）為州長(zhǎng)，林岳川（黎族）為副州長(zhǎng)。1958年11月，根據(jù)中共廣東省委的決定，撤銷中共海南黎族苗族自治州州委，州人民委員會(huì)遷到�？谂c海南行政公署合署辦公。1961年1月，經(jīng)中共廣東省委批準(zhǔn)，恢復(fù)自治州原辦事機(jī)構(gòu)，并于1962年3月遷回到通什鎮(zhèn)辦公（今五指山市）。1961年新成立的昌江縣劃歸自治州管轄，這一時(shí)期，自治州下轄8個(gè)縣。1966年下半年，自治州開(kāi)展“文化大革命”。1984年5月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，崖縣撤縣成立三亞市（縣級(jí)），1986年6月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，通什市成立（縣級(jí)），至此，自治州共管轄7縣2市，繼續(xù)享受民族區(qū)域自治政策優(yōu)惠待遇。1987年12月，根據(jù)中共中央、國(guó)務(wù)院的決定，海南建省辦經(jīng)濟(jì)特區(qū)，同時(shí)撤銷海南黎族苗族自治州。

2001年7月該市由通什市更名為五指山市。下轄沖山鎮(zhèn)、南圣鎮(zhèn)、毛陽(yáng)鎮(zhèn)、番陽(yáng)鎮(zhèn)、水滿鄉(xiāng)、暢好鄉(xiāng)和毛道鄉(xiāng)7個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)。