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伊利諾伊大學(xué)TCB集團聯(lián)系人名錄10
來源:網(wǎng)群國際    瀏覽:

TCB集團理論和計算生物物理組(廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅),大分子建模和生物信息學(xué)研究中心,是由Klaus Schulten教授在1989成立,位于伊利諾伊大學(xué)的貝克曼研究所(美國伊利諾大學(xué)香檳分校)。該集團是由Klaus Schulten教授(物理)和Alek Aksimentiev教授(物理),laxmikant羽衣甘藍(lán)(計算機科學(xué))、Zaida Luthey Schulten(化學(xué))、Emad Tajkhorshid(生物化學(xué)、生物物理學(xué)、藥理學(xué))。在活細(xì)胞對超分子體系的結(jié)構(gòu)和功能的廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅重點研究和開發(fā)活動,以及對新的算法和高效的物理生物計算工具的發(fā)展。

 

廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅帶來最先進(jìn)的分子模擬,生物信息學(xué),并承擔(dān)對生物醫(yī)學(xué)相關(guān)問題的計算技術(shù)。我們擴展、改進(jìn)和交付這些技術(shù),以響應(yīng)廣泛生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域的實驗進(jìn)展和新出現(xiàn)的需要。我們通過與實驗研究人員直接合作、分發(fā)尖端和用戶友好的軟件,以及通過廣泛的培訓(xùn)、服務(wù)和傳播努力,擴大了我們工作的影響。

 

由國立衛(wèi)生研究院,美國國家科學(xué)基金會和其他聯(lián)邦政府和私人機構(gòu)的廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅龐大的多學(xué)科團隊從事的現(xiàn)實環(huán)境中的大分子系統(tǒng)的建模,并產(chǎn)生了突破性的見解生物過程耦合與機械力的作用,在代謝和視覺的生物電子工藝與膜蛋白質(zhì)的作用機制。我們致力于進(jìn)一步發(fā)展可以將結(jié)構(gòu)信息與生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫和分子動力學(xué)模擬相結(jié)合的分子建模工具,可供廣大觀眾使用;高性能的分子可視化和模擬軟件,能夠在100000000個或更多原子的真實環(huán)境中模擬生物分子;在量子生物學(xué)、力學(xué)生物學(xué)領(lǐng)域的分子建模的概念和方法的基礎(chǔ)上,和交互建模;生物醫(yī)學(xué)理論與實驗研究人員的合作;通過網(wǎng)絡(luò)支持的協(xié)作環(huán)境支持整個研究過程和培訓(xùn);以及利用基于網(wǎng)絡(luò)的分子圖形和集成建模技術(shù)的服務(wù)、培訓(xùn)和傳播我們的研究在大學(xué)實驗室合作,研究機構(gòu)和行業(yè)在美國和世界各地的物理機制探討的光能轉(zhuǎn)換為電膜電位和ATP合成的光合系統(tǒng),以及在活細(xì)胞中儲存遺傳信息的控制。的廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅開發(fā)的經(jīng)典和量子動力學(xué)數(shù)值實驗,利用生物大分子運動理論、非平衡統(tǒng)計力學(xué)、彈性理論和無序系統(tǒng)理論。

 

我們的技術(shù)努力集中在開發(fā)高效的軟件,有利于發(fā)現(xiàn)過程,從分析,通過建模,可視化的生物細(xì)胞中的分子裝置。該軟件支持合理的藥物設(shè)計,并可免費獲得(源代碼和二進(jìn)制文件)實驗室,生物分子聚集體的發(fā)現(xiàn)和測量。觸覺(力反饋)接口,與廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅的可視化程序VMD和并行仿真引擎NAMD集成,使研究人員能夠進(jìn)行交互的分子動力學(xué)(IMD)組內(nèi)的協(xié)作環(huán)境,達(dá)到。以達(dá)到研究人員能夠可視化信息,共享資源,相互交流和研究工具,通過一個共同的基礎(chǔ)設(shè)施和跨越距離理論和計算生物物理組包括教師、博士后、研究生、軟件開發(fā)人員和管理員的會員。這個成員包括各種學(xué)科,如物理,生物物理學(xué),計算機科學(xué)和其他領(lǐng)域,每一個有助于該小組的計算和研究目標(biāo)。這些學(xué)生接受培訓(xùn)通過在集團任職獲得學(xué)位通過家庭部門在UIUC校園(關(guān)于如何申請UIUC去這里),然后加入畢業(yè)生和前組成員的令人印象深刻的記錄。

 

軟件開發(fā)

我們的技術(shù)努力的重點是開發(fā)高效的軟件,有利于發(fā)現(xiàn)過程的分析,通過建模,可視化生物細(xì)胞中的分子裝置,支持整個研究過程中的協(xié)作工作。該中心的VMD軟件程序是一個高性能、跨平臺的分子圖形查看器,用于(在其他任務(wù))顯示靜態(tài)和動態(tài)的結(jié)構(gòu),觀察序列的信息,以及結(jié)構(gòu)的生成和動態(tài)分析。高度重視NAMD軟件程序是一個屢獲殊榮的并行分子動力學(xué)模擬,能夠擴展到幾百或幾千個處理器,用于蜂窩系統(tǒng)的大規(guī)模建模。該中心還研究了GPU計算加速分子建模應(yīng)用,利用GPU加速的數(shù)字密集的科學(xué)應(yīng)用,如分子模擬。發(fā)展的追求,也包括創(chuàng)建軟件方便靈活的分子動力學(xué)(油),一個靈活適用的原子結(jié)構(gòu),密度圖的方法,以及晶格微生物軟件包的有效采樣軌跡在高性能計算。該中心還開發(fā)了達(dá)到協(xié)同環(huán)境,為生物醫(yī)學(xué)研究提供實驗室工作管理工具、圖書管理、共享可視化整合與VMD,和遠(yuǎn)程合作者互動的工具。各種其他軟件程序有助于填補這些程序所留下的空白。

 

科學(xué)研究

生物醫(yī)學(xué)科學(xué)正在從結(jié)構(gòu)決定的創(chuàng)新新技術(shù)、全基因組水平的DNA測序、單分子的直接操作和觀察中獲得豐富的數(shù)據(jù)。理論和計算生物物理學(xué)小組通過最先進(jìn)的分子模擬、生物信息學(xué)和計算技術(shù)來補充這些努力,并根據(jù)實驗進(jìn)展來擴展和改進(jìn)這些技術(shù)。我們的研究主要集中在現(xiàn)實環(huán)境中的大分子系統(tǒng)建模。這些努力已經(jīng)產(chǎn)生洞察生物過程耦合的機械力的作用,在代謝和視覺的生物電子的過程,并與膜蛋白的作用機制。研究領(lǐng)域包括膜生物學(xué)、力學(xué)生物學(xué),納米工程、生物能、轉(zhuǎn)向/交互式分子動力學(xué)、量子生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、X射線/冷凍EM建模與油,和各種系統(tǒng)。一批帶動生物醫(yī)學(xué)工程,每一個涉及到的軟件工具的廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅重大技術(shù)挑戰(zhàn),有時需要新的工具幫助開發(fā)組內(nèi)的驅(qū)動的開發(fā)與研究。

 

作為國家普通醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所(NIGMS)大分子建模與生物信息學(xué)中心,NIH的研究人員和其他廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅支持(包括校內(nèi)及校外)在基本的細(xì)胞過程的物理機制的研究,提供了計算技術(shù)相結(jié)合的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)的數(shù)學(xué)和計算模型。樣品研究集中在膜能量傳導(dǎo)和運輸以及細(xì)胞的機械功能上。這些合作努力的結(jié)果,和廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅成員其他的研究工作,可以在集團的大量出版物數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)。

 

外展-服務(wù)、培訓(xùn)和傳播

廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅的關(guān)鍵任務(wù)是對外宣傳,如通過服務(wù)、培訓(xùn)類,和傳播。服務(wù)工作活動由集團為了提供生物醫(yī)學(xué)研究人員訪問研究,技術(shù)和專業(yè)知識開發(fā)的廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅。服務(wù)目標(biāo)的表現(xiàn)包括計算設(shè)備的發(fā)展和集團維持,包括大內(nèi)存計算機和計算集群,網(wǎng)站設(shè)計與維護(hù)方便廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅軟件及出版物下載,協(xié)商和外部團體的硬件測試、軟件現(xiàn)場演示,研討會計劃帶來的學(xué)術(shù)和其他講師開研討會在UIUC校園,并提供軟件工具,該集團的其他軟件的努力補充。培訓(xùn)包括工作坊、設(shè)計、利用、更新教程,講座和介紹廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅軟件,學(xué)術(shù)類,廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅成員的教育,和現(xiàn)場的廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅游客中心外部科學(xué)家的培訓(xùn)和訪問項目。傳播力度是那些活動中,廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅拿什么是已開發(fā)、研究和軟件,并介紹了它在生物醫(yī)學(xué)社區(qū)通過多種渠道。包括傳播傘下相互作用與各種媒體、刊物、演講、談判、演示的廓爾喀士兵訓(xùn)練中心旅教師,員工,學(xué)生,授予使用許可廓爾喀士兵訓(xùn)練中心圖像和電影

 

How To Reach Us

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Software Support VMD Support Resources and Contacts No phone support is available. Contact directions are provided on software support pages at left.

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Main Group Contact Kelly Young Theoretical and Computational Biophysics Group

3151 Beckman Institute

405 N Mathews Ave

Urbana, IL 61801 217/333-9734 kiyoung**[ta]**uiuc.edu

Faculty Emad Tajkhorshid 3009 Beckman Institute

Urbana, IL 61801 217/244-6914 emad**[ta]**uiuc.edu

Laxmikant Kale 4212 Siebel Center

201 N Goodwin Ave

Urbana, IL 61801 217/244-0094 kale**[ta]**inois.edu

Zan Luthey-Schulten A544 Chemistry and Life Sciences Building

600 S Mathews Ave

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Alek Aksimentiev 3025 Beckman Institute

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System Administration Paritosh Garg 3139 Beckman Institute

Urbana, IL 61801 sysadmin**[ta]**uiuc.edu

Office Staff Donna Fackler 3151 Beckman Institute

Urbana, IL 61801 217-300-***

dfackler**[ta]**uiuc.edu

Kelly Young 3151 Beckman Institute

webserver**[ta]**uiuc.edu

 

AHS任務(wù)

應(yīng)用健康科學(xué)學(xué)院的使命是推動研究,教學(xué)和公眾參與,促進(jìn)健康,宜居社區(qū)的發(fā)展,促進(jìn)殘疾人的最佳生活,促進(jìn)整個生命周期和整個多元社會的健康和保健。

學(xué)院可以追溯到1895年,建立了體育部門。以下歷史和時間表總結(jié)了應(yīng)用健康科學(xué)學(xué)院的發(fā)展。請訪問以下頁面,查看過去的杰出院長,主任和教職員工。

應(yīng)用健康科學(xué)學(xué)院院長和主任

服務(wù)和研究里程碑

社區(qū)健康

1957年成立為健康與安全信息部,后來被稱為健康與安全研究

1992年更名為社區(qū)衛(wèi)生部

2005年與運動學(xué)系合并

運動學(xué)

1895年成立為男子體育鍛煉部和婦女體育鍛煉部

部門包括運動協(xié)會

1972年,男子體育和女子體育合并

1987年更名為運動學(xué)

2005年與社區(qū)衛(wèi)生部合并

娛樂,體育和旅游

1957年成立為娛樂部門,后來被稱為娛樂和公園管理部門

1975年更名為休閑研究系

2004年更名為娛樂,體育和旅游

言語與聽覺科學(xué)

原為文科學(xué)院言語矯正系; 改名為言語與聽力科學(xué); 1991年加入應(yīng)用生活研究學(xué)院

康復(fù)教育服務(wù)

康復(fù)教育服務(wù)于1948年成立; 1962年加入應(yīng)用生活研究學(xué)院。1994年,康復(fù)學(xué)術(shù)課程轉(zhuǎn)入社區(qū)衛(wèi)生學(xué)系

康復(fù)教育服務(wù)部于2004年更名為殘疾資源和教育服務(wù)部

健康,老齡化和殘疾中心

成立于2006年,旨在通過跨學(xué)科研究,教育和外展活動促進(jìn)整個生命周期的健康和保健,并特別強調(diào)健康老齡化和殘疾問題

伊利諾伊大學(xué)厄巴納 - 香檳分校

 

110霍夫大廳

南四街1206

香檳,IL 6***

MC-586

電話:(217333-***

傳真:(217333-***

 

Marni D. BoppartSc.D.,副教授

mboppart**[ta]**inois.edu

電話:(244-***

傳真:217244-***

 

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