伊朗海關(guān)中央總部由海關(guān)總長(zhǎng)辦公室和四個(gè)副總關(guān)長(zhǎng)辦公室組成，負(fù)責(zé)十個(gè)監(jiān)管分支機(jī)構(gòu)和德黑蘭各執(zhí)行海關(guān)的管理和監(jiān)督工作，而分布在全國(guó)各地的十個(gè)監(jiān)管機(jī)構(gòu)則對(duì)地方執(zhí)行海關(guān)進(jìn)行管理。邁赫爾阿巴德海關(guān)（MEHRABAD）、沙里亞爾海關(guān)（SHAHRIYAR）、西南海關(guān)（WEST ＆ SOUTH）和展覽及郵政海關(guān)的運(yùn)行由德黑蘭中央總部直接管理。

　　伊朗全國(guó)共有141個(gè)執(zhí)行海關(guān)，分布在德黑蘭和各大城鎮(zhèn)、邊境地區(qū)和一些波斯灣島嶼及邊境市場(chǎng)。

　　伊朗海關(guān)中央總部下設(shè)安全保障部、地區(qū)海關(guān)協(xié)調(diào)部、公共關(guān)系及國(guó)際關(guān)系部、調(diào)查部和爭(zhēng)端解決委員會(huì)，對(duì)監(jiān)管機(jī)構(gòu)和執(zhí)行海關(guān)的工作進(jìn)行指導(dǎo)和協(xié)調(diào)，根據(jù)情況，頒布或通告海關(guān)條例、指令和業(yè)已通過(guò)的法律、法規(guī)及其他必須遵照?qǐng)?zhí)行的措施，對(duì)執(zhí)行海關(guān)提出的異議和問(wèn)題進(jìn)行調(diào)查并作出最終裁決。上述部門在海關(guān)總長(zhǎng)的指導(dǎo)下進(jìn)行工作。

　　四個(gè)副總關(guān)長(zhǎng)分別下轄以下部門和辦公室：

　　1．海關(guān)事務(wù)副總關(guān)長(zhǎng)：進(jìn)口部、出口部、海關(guān)估價(jià)及關(guān)稅稅則部。

　　2．法律和監(jiān)管事務(wù)副總關(guān)長(zhǎng)：過(guò)境事務(wù)部、文件核審部、法律事務(wù)部。

　　3．行政和財(cái)政事務(wù)副總關(guān)長(zhǎng)：服務(wù)及采購(gòu)部、行政事務(wù)部、財(cái)政事務(wù)部、組織及預(yù)算部。

　　4．工程和規(guī)劃事務(wù)副總關(guān)長(zhǎng)：海關(guān)體系規(guī)劃和改進(jìn)部、統(tǒng)計(jì)和服務(wù)自動(dòng)化部、海關(guān)培訓(xùn)和研究部、海關(guān)數(shù)據(jù)自動(dòng)化系統(tǒng)國(guó)家工程部。